主题:高精度单碱基编辑工具,能不能请各位先生教学一下? -- 桥上

大河奔流 导读 复 3 阅 1282

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O 高精度单碱基编辑工具,能不能请各位先生教学一下? 1 桥上 字2880 2019-06-11 05:00:30
O 正好看到一篇文章与此有关,链接如下: 桥上 字155 2019-06-12 01:26:21
O 这个是基于老技术的改进 7 冰冻三尺 字1670 2019-06-11 10:50:06
..O 多谢解惑,长姿势了 桥上 字0 2019-06-11 23:45:03
2019-06-11 05:00:30
主题:4406416
桥上
桥上`24173`/bbsIMG/face/0002.gif`70`137941`18899`706486`正三品:金紫光禄大夫|冠军大将军`2008-04-16 00:13:57`0
1 高精度单碱基编辑工具,能不能请各位先生教学一下? 1

能够完全消除RNA脱靶并且维持DNA编辑活性的高精度单碱基编辑工具,这是原文,我记得那个贺什么就有脱靶问题,和这里说的是一回事吗?

另外,这个工具有多大,一次能管多少个:位置?细胞?编辑多少个:位置?细胞?就能有效果了呢?能有什么效果?

还有,RNA和DNA是不同水平吗?我怎么觉得是差不多的水平呢?

下面是摘抄的部分原文和链接

6月3日,《美国科学院院刊》在线发表了一篇题为《UBE3A介导PTPA的泛素化降解调控PP2A活性和树突棘形态》的研究论文,该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室熊志奇研究组与华东师范大学廖鲁剑教授研究组合作完成。该研究描述了泛素连接酶UBE3A通过调控磷酸酶PP2A的激活因子PTPA的泛素化降解,进而影响磷酸酶活性的一条信号通路,并且揭示了该信号通路的异常是介导UBE3A缺失导致的天使综合征的新的病理机制,为治疗该疾病提供了新的药物靶点。

UBE3A (ubiquitin protein ligase E3A) 通过对底物的泛素化修饰,来调节蛋白的水平与功能。UBE3A母源等位基因的缺失会导致神经发育性疾病天使综合征(Angelman syndrome,AS)。

在该研究中,研究人员发现PP2A的活性在天使综合征小鼠脑组织中显著上调。相比之下,研究人员并没有发现PP2A的各个亚基在蛋白水平和mRNA水平上的变化。研究者结合稳定同位素标记哺乳动物氨基酸以及定量质谱的策略,解析天使综合征小鼠脑组织中发生变化的蛋白质。结果显示,PP2A的激活因子PTPA在天使综合征小鼠中显著上调。泛素化反应以及质谱分析泛素化位点等实验表明,PTPA是UBE3A的一个泛素化底物。天使综合征小鼠模型中,PTPA的上升导致了PP2A催化亚基的甲基化水平上调,进而引起PP2A全酶组装的增加,最终导致PP2A活性的上升。

据科技日报6月11日报道,杨辉告诉记者,单碱基编辑技术能够实现非常高精度的目标打靶,成为罕见病基因治疗的热门工具之一。已有的研究对于基因编辑工具的脱靶检测都瞄准在DNA水平,而杨辉团队这次将DNA编辑工具脱靶的检测范围首次扩展到了RNA水平。

脱靶问题的发现与解析为开发新一代基因编辑技术奠定了基础。为了获得更加精准的单碱基编辑工具,杨辉研究组团队对单碱基编辑的胞嘧啶脱氨酶和腺嘌呤脱氨酶分别进行了突变优化,最终获得能够完全消除RNA脱靶并且维持DNA编辑活性的高精度单碱基编辑工具。


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2019-06-11 05:00:30
2019-06-11 10:50:06
4406451 复 4406416
冰冻三尺冰冻三尺`31634`/bbsIMG/face/0005.gif`70`1989`3978`36579`从二品:光禄大夫|镇军大将军`2009-02-07 19:58:06`0
2 这个是基于老技术的改进 7

这是一篇应用的文章,而不是研究基因编辑工具的文章。

“杨辉研究组团队对单碱基编辑的胞嘧啶脱氨酶和腺嘌呤脱氨酶分别进行了突变优化,最终获得能够完全消除RNA脱靶并且维持DNA编辑活性的高精度单碱基编辑工具。”

我理解的是团队针对PTPA基因的引物做了优化。而不是说改进了这个工具本身。文章里面这部分讲得很少。

UBE3A-mediated PTPA ubiquitination and degradation regulate PP2A activity and dendritic spine morphology

原文链接:

https://www.pnas.org/content/early/2019/05/29/1820131116#sec-9

要具体看materials and methods

https://www.pnas.org/content/pnas/suppl/2019/05/29/1820131116.DCSupplemental/pnas.1820131116.sapp.pdf

里面有一句话

Ube3a deletion mice were generated by Jiang and colleagues (1).

这个UBE3A 单基因突变老鼠是1998做出来的,用同源重组。很早的技术了。这个技术费时费力,在老鼠细胞好做,人细胞很难搞。这个技术不能用脱靶率来衡量,只能用命中率来衡量。百万分之一的命中率吧。

Jiang Y-h, et al. (1998) Mutation of the Angelman Ubiquitin Ligase in Mice Causes Increased Cytoplasmic p53 and Deficits of Contextual Learning and Long-Term Potentiation. Neuron 21:799– 811.

DNA层面和RNA层面两码事。人体每个细胞DNA都一样(红细胞除外),但RNA的表达完全不一样。所以眼睛是眼睛,耳朵是耳朵。

“而杨辉团队这次将DNA编辑工具脱靶的检测范围首次扩展到了RNA水平”。不明白记者想说啥,测量RNA水平的qPCR或者RNA-seq是标准操作吧,没有才是奇怪的。


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通宝推:桥上,
最后于2019-06-11 10:58:33改,共1次;
2019-06-11 10:50:06
4406516 复 4406451
桥上
3 多谢解惑,长姿势了
2019-06-11 23:45:03
帖内引用

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