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主题:请教几个转基因检测的问题 -- mailsina

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  • 家园 请教几个转基因检测的问题

    不太懂这个领域,请教几个问题

    1 制备转基因植物容易吗?我知道这年头做转基因动物很容易,但植物细胞生长相对慢一些,也很容易吗?

    2 我们在检测转基因成分的时候,对于申报的转基因组分应该很容易检测,但是如果里面含有未申报的成分,我们是不是只能做全基因组筛查呢?这个成本要多高呢?

    谢谢

    • 家园 简单说一下吧

      1.我个人觉得转基因植物比转基因动物好做多了。转外源基因的手段主要包括:通过类似农杆菌这种病菌介导外源基因侵入植物的细胞(多是生殖细胞),或是通过基因枪法等方法;培养上,组培法即将植物组织细胞培养成一个整株植物,或者收集转入外源基因的植物的种子,再种植后即可得到转基因植株。目前不是所有植物都可以实现转基因,但是主流的农作物和研究用的植物都有成熟手段。

      2.一般对于转基因检测来说,会将标准上有的全部基因元件或已知的转化事件筛查一遍。几个问题说明一下:(1)主要方法:就是PCR扩增,先进点儿的就是荧光定量PCR,一般的琼脂糖电泳也可以,成本不高;(2)测序肯定是不行的,一是成本太高了,二是分析序列工作量大,三是没必要,因为已知基因的话普通PCR方法就可以达到目的了,未知的你就算是分析序列也一样不知道里边含有什么;(3)对于只转进去基因的一部分,这种情况一般不会出现,因为转进去的目的是为了发挥功能,只转进去一部分基因的功能丧失,所以筛查引物的设计也只包含基因的主要功能区,只要是含有基因一般都能检测出来;(4)至于含有未申报成分情况,如果这个未申报的成分是已知的标准上有的,或者转化事件较多的,肯定会被筛查出来。也许会有一些未申报的成分是很少见甚至从未被应用过的,可能初次检验不能被筛查出来,但是不代表是无迹可寻的,至少在科研文献里肯定能找到,最终如果被发现大量使用的话,肯定会被做成标准并加入到筛查内容中,早晚会被查出来。

      • 家园 多谢回复

        你的意思是,在筛查未申报基因的时候,我们只要去检查常见载体或者所有已知载体就比较稳妥了?

        “全部基因元件或已知的转化事件”还有“所以筛查引物的设计也只包含基因的主要功能区”这两个能细解释一下吗?没看懂,多谢。

        听起来转植物还挺方便的。

        • 家园 是这样的

          在筛查未申报基因的时候,我们只能按照标准去检查全部常见的基因和构建元件。(载体一般是指质粒这种,但是转入植物之后就只剩下构建元件和外源基因)。稳妥是指什么呢?现在做检测只能按照标准做啊,要是这个植物里含有了标准里没有的基因,那也没办法,也不能任意扩大检测范围,那样太盲目了,对出具检测报告也没有意义。

          全部基因元件就是标准中已有的全部外源基因、启动子、终止子等元件;已知的转化事件就是指已经申报的转基因事件,比如像转基因玉米品种MON810,它要上市就必须详细告知转入的bt基因的构建情况(采用什么启动子、终止子以及外源基因的序列)和品系特异性情况(外源基因与玉米基因组链接处的序列情况)等。

          “所以筛查引物的设计也只包含基因的主要功能区”是指:有些基因的原基因比较长,转入植物的时候只选择有功能的部分区域;有些含有内含子的还要把内含子去掉,只转入翻译区。所以一般检测引物包含的区域就是这类“有用的功能区”。其他区域没有用,自然也不会有人往植物里边转。所以一般不会由于引物设计的问题而检测不到目的基因。

    • 家园 假装一下内行

      转基因植物比动物容易的多。因为植物组织培养难度比动物低好多,很多情况下只要能挑出个转上基因的体细胞就可以培养成一整棵植株。当然你跟我说那种几十年才成熟的木本植物的话就算了。那是等不起,不是技术问题。而且大部分转基因的目的植物都是一年生的作物——弄棵转基因的银杏树能做啥?实在想不明白。

      除非你知道转进去的是什么基因,否则基本没法查。因为不是所有植物基因组都有完整的测序。而且转进去的基因只占原基因组的很小一部分。不采用特异性的检测基本测不出来。但是特异性检测就必须知道你要检测的到底是什么东西。

      但是转进去什么基因也不是无据可查。因为谁都不会没事闲的转个稀奇古怪不知道有什么作用的基因进去。真正转进去有效益的基因并不多,而且一般都能从公开发表的文献里找到。

      全基因组筛查应该筛不出什么来。因为转进去的基因只占原基因组很小一部分。非特异性的筛查多半会被当噪声忽略掉。

      • 家园 主粮基因组很清楚 即使未知也是可以检出的

        只不过需要很好地序列分析,还足够多的测序序数据。

        我觉得玉米有几百到几千美元的测序费用应该大概率能检出。

        我是做新的二代测序数据的。

        这些没有绝对检出。只能说在某某覆盖率下对某类序列有多大概率检出。

        • 家园 玉米的转座子有影响吗

          如果天然基因组数据够多,按理说应该可以排查被人为修饰的基因组,但是天然植物也会感染病毒,目前的条件实际上有可能判断基因组是否被认为改变吗?

        • 家园 我也是这么想的

          其实我就是在想,如果放开转基因主粮进口,那么如果我们把检测手段都用到了,成本上能接受吗?会不会因为经济原因导致监测手段跟不上呢?

          我这个人一向小人之心,万一被人家转些乱七八糟的东西进去呢,怎么办?

        • 家园 del

          del

          • del
            家园 老兄怎么删了,说两句?
            • 家园 一篇参考文献

              我之前关注的是探测未知序列的基因组整合位点,所以认为对高通量测序而言这是一个很困难的工作。问过我老婆之后发现我把问题想复杂了,做de novo assembly然后做数据库比对,就发现未知的插入序列而言还是可行的。具体做法可以看这篇文章:外链出处

              • 家园 多谢

                文献没读懂,确切说摘要都没看太明白。。。。。不过以我大概的理解,基本还是测通?然后跟数据库去比对?这样子只能检测大片断的插入吧?最小检测片断大约在多少呢?如果是基因置换呢?比如把罂粟的某基因两端修饰,然后替换掉玉米中的一个无效基因,这种可以检测吗?

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