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主题:请教图像处理软件 -- 山寺桃花

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家园 请教图像处理软件

我现在要对杂交的图片进行定量处理。杂交后显影的特异染色即银颗粒呈黑色。用什么图像处理软件(Windows/linux)来方便地定量这些银颗粒呢?同时还要能滤掉非特异的背景染色。我现在用的是imageJ.觉得不好用。

谢谢指教。桃花拜谢了。

关键词(Tags): #图像处理#软件
家园 photoshop 类软件吧。

linux 下有一个与 photoshop 类似的,忘了名字了。

家园 photoshop 我有,怎么用它来数黑点呢?
家园 有没有用过Phosphorimager? 不过没有免费的好像。
家园 [改]不知道怎么数。估计要编程序了。

可以用 photoshop 把黑点提出来,然后贴到一张空白的bmp 中去,写一个程序,读图,累计黑点数目。

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家园 不行,黑点有大有小,我实际上要得是黑点的gray scale 和面积
家园 哦,是它啊,不合我用。还是谢谢
家园 不明白黑点为什么还有 greyscale,

面积好算啊。把新开的bmp空白板的长宽像素搞得和原图一样,那么算一算黑点一共有多少点,比上整个bmp板的像素点,就得到一个比例,换算到原图尺寸,可得黑点总面积。

还有,就是找一找 matlab 了。matlab 读图比 c 程序方便。

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这个可能有点启发。

家园 gene 表达强度不一样,gray scale 就不一样。谢谢。

我叫我老婆写一段程序给我,看看行不行

家园 作图像分析要用 histogram,

Photoshop:Window 里就有一个 Histogram 工具。不过只能是粗略的统计。

如果你“要得是黑点的 gray scale 和面积”,用 Photoshop:Select:Color Range 先把要计算的 gray scale 的 pixels 选出来,再看选出的 pixels 的 Histogram;只能这样啦

家园 嗯,我正想着histogram呢,谢谢
家园 试试scion image吧

俺以前做量子点的时候都是用它来数点,统计大小的。不过好象跟imageJ差不多。

家园 MATLAB的图像处理工具箱完全合乎您这个问题的需要

Image Processing Toolbox User's Guide:

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Example 2 -- Advanced Topics

1. Read and Display an Image

2. Estimate the Value of Background Pixels

3. View the Background Approximation as a Surface

4. Create an Image with a Uniform Background

5. Adjust the Contrast in the Processed Image

6. Create a Binary Version of the Image

7. Determine the Number of Objects in the Image

8. Examine the Label Matrix

9. Display the Label Matrix as a Pseudocolor Indexed Image

10. Measure Object Properties in the Image

11. Compute Statistical Properties of Objects in the Image

关键词(Tags): #MATLAB
家园 我不知道有没有专门的软件

但可以找懂图像处理的人来写, 应该不难. 如果是在学校的话, 可以找一个EE的学图象处理的研究生来做INTERN.

家园 谢衲兄。
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