主题：【整理】说说最近有关biocomputing的事情 -- 喜欢喝冰茶

通用软件通常不会给做实验的童鞋们，特别是临床样品这类的实验有太深入的帮助，很多时候一定要做计算和做实验的都非常深的卷进去才可能成功。这里面呢有些利益上的问题，传统上，实验是第一位的，做实验的童鞋总觉得做计算的就是按几个button或者写几行code完事儿，如果说干这活儿的是个master的话，这理解也还凑合，可是如果换成个phd就有点儿扯了。很多时候，特别的问题是一定要特别处理的，别忘了任何数学方法都是有前提得。如果计算的真想帮忙，那同样要看很多相关文章，真正理解这个问题的核心和挑战，然后就问题本身想具体的解决方案。这个心血和精力一点都不见得比做实验的童鞋们少，虽然他／她不用晚上熬夜去实验室，但是思考本身，一样不少，甚至更多。这个时候，如果成果出来，其实是双方的心血，但是呢，现状是做计算的童鞋们呢总觉得自己被排斥，看看NCS上实验和计算都有的paper里，计算这块儿做co－1st author有几个？当然，可以说实验是最重要的，可是如果没有后期真正下工夫的数据分析，只给你几十个G的shortreads，你还能claim你的发现吗？做计算的童鞋们付出一样不少啊，不信？做实验的童鞋们可以找两篇计算领域里的比较偏理论的paper弄明白它的算法，就知道做计算的搞明白具体的生物或者医学项目里细节有多痛苦了。做计算这行里，要是生物和计算都得有sense的，training的时间一个普通的phd是不够的。你觉得学门biochem和mole bio就会有bio sense有点儿太乐观了吧。不信做实验的童鞋们去和computer science里面号称做bioinfo的聊聊，看看你们要能互相理解对方得交流到什么程度。还有一个例子就是很多实验室找公司来处理数据，但是有几个真正会很深的涉及项目，因为不好收费啊。在计算生物学领域，像S那篇提到的计算方法，不是没有商业软件的，cluster也不是个问题，但是做那行的公司很少，主要就是如果想出东西，需要一个fulltime phd level employee全身心投入，可这钱怎么算？一小时收200刀不算贵吧，你要让一个完全不了解你那行的达到能够明白问题的关键，估计至少得准备个7、8万付人工资吧，再加上计算成本，100k至少的，可您一个R01剥了皮之后一年还剩多少钱？听有朋友抱怨说，做实验的宁肯让试剂公司敲竹杠，却和做计算的斤斤计较，呵呵，所以很多项目都没法做。这东西某种意义上是个观念问题，现在木办法。