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主题：【整理】说说最近有关biocomputing的事情 -- 喜欢喝冰茶
家园 【整理】说说最近有关biocomputing的事情 主要是两件事, 两三个星期前S上有篇research article文章，里面提到了一个在Computational Biology上常用的计算技术的巨大进步。其实简单来说，也不是什么算法上的，而是一个砸钱的事情，但是是从底层改进。喜欢跟一个或者几个蛋白或者family较劲的朋友们，可以去看看，有些事情以前是望洋兴叹的事儿，现在基本上就是现实了。但是想跟他们合作得先掂量掂量自己玩儿东西的分量，没到NCS级的就不用了，套用国内一句话叫人家“不差钱”。
另外一件事儿是给那些喜欢HTS的同学们玩儿的，去google一下ion torrent，如果真如他们所说的那样，PGM能够两个小时搞定一个individual的genome的话，几年之内SNP和Exome的成本压到100美刀根本就不是问题，因为现在的实验成本也就是200左右，前提是真如它所说，所以搞药的，做遗传的，折腾SNP，CNV或者rare variants的，还是这个seq，那个seq的，methylated的同学们，你们的曙光在前，不过前提是后期处理得能跟上。所以立志于挣钱找工作的bioinfo童鞋们，如果会NGS，你就等工作找你吧，如果不会，赶快学去。其它的那些方面没这个能管饭。
家园 PacBio终于开始露点儿真面目了 http://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa1012928
平均1000bp，最多2000，令人印象深刻，并且向10k冲击，初期alignment算法又要改了
。家园 刚刚查了一下 ion torrent 一次反应产生100，000 reads,每条长为100，离测完individual genome还很远吧
- 复 刚刚查了一下
家园 你说的是314片子 据Abi的人说，316或者更新的要更强大些，不过你知道illumina的人怎么评价这件事儿？他们说，没上市的东西，呵呵，不能评价
家园 我也觉得是，尤其ABI说话不大靠谱 我们被忽悠着用他们的SOLiD测序，他们自己说测序准确度很高，结果测出来的reads只有10%左右可以用，其它根本map不到原来的基因组上
家园 SOLID的市场占有额可能不到30％ Illumina还是大头儿，abi收ion torrent大概想抢点儿卖点。我听了两次同一个地区经理的presentation，人家就敢喊Genomic Physician，NIU吧
。个人感觉上，454和PacBio的长片断还是比较有用，不过前者技术上如果不能消除夹带私货的问题，还是很少人用，而后者整个儿一闷声发财的说。不过就后期处理而言，更看好Roche，你看它买了谁做bioino的研发，再看看谁在那里当头儿就知道了。
家园 你说的夹带私货是指homopolymer? 454最近在和DNA electronics合作，研究Semiconductor-Based Sequencing，这一技术也是ion torrent在使用的技术，看来roche是有意解决homopolymer的问题。
"你看它买了谁做bioino的研发，再看看谁在那里当头儿就知道了"这个能展开具体说说吗？挺有意思的。
家园 ION TORRENT 和DNAe的事稍微知道一点 ION TORRENT 和DNAe的事稍微知道一点
两者基本技术类似，利用ISFET 做测量(可以查到），可以将尺寸做得很小。多小？嘿嘿。看过ION TORRENT的一些信息，非常惊讶他的系统整合，当然现在肯定还不成熟。
个人觉得固态电子,微电子与测序的结合，绝对是检测手段的一个飞跃。当然随之而来的就是biocomputing的噩梦。
有时候就很着急国内相关的研发，这些东西对生物技术，医疗保健有太大的帮助了。万一将来这些东西不给进口，差距就一下子来开了。
家园 呵呵，加州一直有俩做research不错的公司 北有genentech，南有amgen。现在前者已经是roche旗下的，而且去年就网罗了R和BioC的创始人，手下还是很有一批人的。如果454能在技术上做好的话，那么roche是最有可能提供一套比较令人满意解决方案的。
家园 以前听到的说法是illumina 60% SOliD和454市场占有率各20%左右
家园 说得对，后期处理能否跟得不偿上是个大问题 不论是搞好统计分析的大牛还是bioinformatics的小牛，都不认为这是个问题。可谁也没有处理过大规模的sequence数据。我们也不再废话了，赶紧和国内合作，建个数据处理中心。
家园 呵呵，BGI已经在Boston建分舵了 http://www.boston.com/news/science/articles/2010/10/18/bgi_seeks_to_widen_dna_research_options_in_cambridge/
问题是BGI现在还属于人海战术，中坚力量还是比较匮乏的。