主题：【文摘】台湾cell paper可能作假 -- 青岚

发信人: yuuli (听，...听), 信区: Biology

标 题: 在Cell上见到了最无耻的伪造了。

发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 16 23:23:06 2006), 转信

http://www.cell.com/content/article/fulltext?uid=PIIS0092867406012256&highlight=polymerase

Cell, Vol 127, 317-327, 20 October 2006

Role of the Sigma Factor in Transcription Initiation in the Absence of Core

RNA Polymerase

Hsin-Hsien蔋su,1 Kuei-Min蔆hung,1 Tsung-Ching蔆hen,1 and Ban-Yang蔆hang1,*

1 Institute of Biochemistry, National Chung-Hsing University, Taichung 40227

, Taiwan, Republic of China

从第二个图起，大家去一个图一个图的数数看有几十条western lane是 copy/paste

出来的。

--

※ 修改:·yuuli 于 Nov 16 23:26:05 修改本文·[FROM: 132.239.]

其中最明显的是fig 2C

新加了一个flash

借用mit上一个网友的回复－－

发信人: anoia (阿诺), 信区: Biology

标 题: Re: 从这个图里无法确定是否作假 【转载】

发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 19 02:37:29 2006), 转信

这个不用做过不做过放射自显影，洗过照片的，扫描过照片的，都清楚是怎么回事

你再一致的pattern，不可能连hot spot或者noise的分布都一样

就算完全一模一样的sample，你side by side的跑2个lane，也不会一致到那个程度

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

为了证明我的观点，我做了个flash，这个flash没有剪接过，只加了一些注解。

手边有photoshop的人，可以去cell网站下载原图，然后试着一样做一次。

flash是swf格式，因为画面比较大，建议用ie打开然后按F11全屏看，能看得清楚些。ie要看不了，windows media player也行。

关于里面用到的差值模式说明如下

所谓差值模式Difference。根据上下两边颜色的亮度分布，对上下像素的颜色值进行相减处理。比如，用最大值白色来进行Difference运算，会得到反相效果（下层颜色被减去，得到补值），而用黑色的话不发生任何变化（黑色亮度最低，下层颜色减去最小颜色值0，结果和原来一样）。

也就是说，什么情况下会出现颜色值全部为0的黑色呢？当两张图对应的颜色完全一样的时候……

外链出处

先说明一下，这个是放射自显影图片，胶里如果有气泡，看上去不会是那个样子的。我过去做过不少RNA foot printing，这个是知道的。那个指为气泡的东西很可能就是个杂点。

重复的点和斜杠，以及一些圆环状的条纹，的确看上去有些可疑。不过此图杂噪音比较高，那些重复的部分，也许是杂信号所导致的巧合，所谓剪贴线，也不好确认，因此很难判断是否曾被ps过。另外这个胶里加了肝素，它是可能影响跑胶的带型的，也许能解释那些圆环状条纹。

而且他们如果用的不是X光胶片而是扫的储磷屏，实际也根本就没有硬物证来证明此胶系作假。

从这个实验的性质看，我个人认为他们并不需要从一个lane复制出很多lane来造假。这个实验是一个肝素梯度下的footprinting。负结果并不是没有带，而是所有的lane看上去都一样，要造假的话，只需要把想证明有蛋白结合的地方用笔刷刷白一点就行了，胶还是原来的胶，没有复制条带的必要。

当然他们如果真的作假，而且技术还比较糙，那是另当别论。我反正是不会这么干的。

晕……

借用mit上一个网友的回复－－

发信人: anoia (阿诺), 信区: Biology

标 题: Re: 从这个图里无法确定是否作假 【转载】

发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 19 02:37:29 2006), 转信

这个不用做过不做过放射自显影，洗过照片的，扫描过照片的，都清楚是怎么回事

你再一致的pattern，不可能连hot spot或者noise的分布都一样

就算完全一模一样的sample，你side by side的跑2个lane，也不会一致到那个程度

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

为了证明我的观点，我做了个flash，这个flash没有剪接过，只加了一些注解。

手边有photoshop的人，可以去cell网站下载原图，然后试着一样做一次。

flash是swf格式，因为画面比较大，建议用ie打开然后按F11全屏看，能看得清楚些。

关于里面用到的差值模式说明如下

所谓差值模式Difference。根据上下两边颜色的亮度分布，对上下像素的颜色值进行相减处理。比如，用最大值白色来进行Difference运算，会得到反相效果（下层颜色被减去，得到补值），而用黑色的话不发生任何变化（黑色亮度最低，下层颜色减去最小颜色值0，结果和原来一样）。

也就是说，什么情况下会出现颜色值全部为0的黑色呢？当两张图对应的颜色完全一样的时候……

外链出处

怕是flash视频对色彩空间有影响，我自己试了一遍。放大了仔细看，可以看到除了跟被复制区域自身重合外，跟别的lane重合的时并不是全黑，有很多略发白的噪点。我用的选区是0.4肝素的那个lane。

我又仔细看了那个flash，同样，只要在不与被复制区域混和时，也不是全黑的，跟我看到的情况完全一样。

关于这个不是全黑的成因，不可排除的，有一种可能，就是作者和出版单位在处理图片转换格式的过程里，已经引入了很多因有损压缩而造成的噪点和纹理。当然另一种可是是他们在制造“梯度”的过程里引入了这些差别。

这个图里的一些重复图样的确很奇怪，尤其是在被指出有剪贴线的地方，的确有过于规则的横线。看上去很像是把上部和下部两张图片拼在了一起。不过有时候把胶分两部分曝光，再拼成一张，也是有可能的，例如作者假如手头刚好没有足够大的储磷屏就可能这样取巧。

另一种可能，就是作者想掩盖什么东西，比如说，假如在上部实际也有明显的protection，那样他们的蛋白结合模型就大成问题了。这样就得复制一些条带出来盖住那部分。不过这只是猜测而已。

我观察到在贴近那个剪贴线的上部，0.6,0.8,1.0的带型不是完全一样的，把0.4图层移动过去的时候，有时会出现白色条纹，有时候没有。不过如果作者做过很多步修正，出现这种情况也是有可能的，所以这也不能说明他们就没作假。

这个图最最奇怪的地方就是那些重复斜线和白点。过分规则了。这个flash的确能很充分的证明这个问题。

总的来说，通过这个测验，究竟够不够说明这个图是作假还是没作假，我还是觉得应该持审慎的态度。应该让作者拿出质量更好的图片来说明问题。

可以放心地说，俺们没有冤枉好人

http://sciencenow.sciencemag.org/cgi/content/full/2006/1213/1

Cyber-Detectives Deep Six Cell Paper

By Xao Hin

ScienceNOW Daily News

13 December 2006

A microbiology paper by an all-Taiwan group that made a media splash in Taiwan when it was published in the 20 October Cell is being retracted after anonymous online sleuths charged that images in the paper had been manipulated.

On Tuesday, Ban-Yang Chang of National Chung Hsing University in Taichung, the corresponding author, confirmed in an e-mail that he had written Cell asking the journal to retract his team's paper. The study questioned prevailing views of how transcription of a gene's DNA begins in bacteria. The move came after an investigating committee convened on Friday by the university recommended the retraction. In an e-mail to Science, Yu-Chan Chao, dean of the College of Life Sciences at the university, called the episode an "unfortunate case" and added that "the university will take this as a serious lesson for ethics education at all the colleges in the future."

Chang maintains that the paper's conclusions are correct. "We want to stress again that the results reported in the Cell paper are real and reproducible,"he wrote. Cell so far has not published a retraction notice.

For a more detailed story on how the anonymous Internet postings challenged the Cell paper, see this Friday's issue of Science.

做过GEL SHIFT都知道，不可能每条lane上每个bands都一样。色阶调的那么厉害，就是为了掩盖相同的背景。

另外，如果没有实物证据（比如干胶或者X光片，电脑中的原始文件等）的话，就会被认为是造假，而不是民法中谁主张谁举证的思想了。

事实上，最近国内发生了一次相似的事件，作者也是将同一个lane复制粘贴，被reviewer看出来，很丢脸。

里面的图片PS手段吓死人。当然，是低劣得吓死人。

看这个实验室最后会是什么结果吧！