主题：【原创】俺该作啥实验 -- 关中农民

如果是knockout的sample，不应该吧，前提是你确定compound有效。

实验部分不好说，只从处理的角度，不知试没试过Broad的GSEA，那东西很tricky，但有时候可以帮你发文章。或者用一些商用软件，诸如ingenuity，genego，oncomine等等。当然free的opensource则可以定制一些能说明你觉得有意义的机理。

如果你确实觉得有些东西涉及到而直接的EnrichmentTest测不到的话，可以用GeneInteraction（事实上是protein／gene interaction了）连起来，毕竟每个gene的表达也是时间的函数，实验只能取有限的离散点，在这个点测不到，并不代表就不参与。