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主题：【原创】俺该作啥实验 -- 关中农民
抗肿瘤药物研发的大鱼大虾们请了. 兄弟正在写基金申请.请大家给点建议. 俺有这么一个化合物,抗肿瘤活性很好(体外MTT测试),动物毒性很低,现在只知道它能诱导细胞凋谢,其机理不明确,靶点不清楚.俺想申请基金研究它的靶点和分子机理.
do you think what kind of assay I need to propose to find out the mechanism. I did some primary study, cytochrome c is involved, Ca++ is involved. but apoptosis is so complex. there are so many molecules are involved. where to start, what to check? even I propose some experiemnts, the reviewers easily riase the question, how come your proposed experiments will work and neil down the molecule targets. I really need some good suggestions from experts in this field.
many thanks
somehow my computer cannot input english right now. sorry about this.
I have your number.
I will call you tomorrow if it is OK with you.
Many thanks
首先搞清它是不是的确诱导了凋亡，因为这是你以后所有假设的根本基础。
1，跟最近两三年的高引用文章学一学，多弄几个流行的、独特的、互补的且你有条件做的凋亡检测方法。
2，复查化合物本身。如果不是你自己做的，就让做的人彻底说服你：该化合物从结构、纯度、稳定性及其重复制备的可靠性皆毋庸置疑。
3，如果化合物结构已经搞清楚，找几个长得象的和一点也不象的分子，最好是已知靶点之已批准药物，做对照实验。(其实于方法论并不严谨，但是说服评审人，估计差不多。)
要不问问穿越教授二胡教授，他们是大拿，呵呵。
that is what I plan to do. However, I am still not confident. I had some negative feedbacks before from similar research approach. The reviewers seems do not buy what I proposed.
The compound is design and synthsized in my lab. Apoptosis is very clear, I used several ways(western blot, ELISA, Flow). But what is the molecule targets of the compound still remain unclear. I am not an good cancer biologist. So experts' suggestion is highly appreciated.
Many thanks
如果你向NIH申请的话，按眼目下的行情，得有一两件其他任何人都做不了的事情，只有你能做而且做得很熟。
就验证凋亡的实验方法而言，我一下能想起来就有敲除转染，针对包括经典的凋亡信号途径中(都是外行意见哦)Bcl-2家族，Caspase家族，p53等等，选几个方便的、能做的。
不过我感觉评审人的总印象大概是你把目标定得太高，从某个诱导凋亡现象出发，要找到确切靶点和机制，提出的方法设计却很不足。要知道现在很多单位有高内涵筛选，经常有化合物引发新现象，大家最头痛的事情跟你的一样：怎么厘清细胞内机制？然后经常是以没有结局而结束。
(以上都是外行根据有限道听途说和贴主有限信息之胆大妄言。还请潜水专家们指点、包涵。)
俺的实验室是个小实验室，在三流院校，没有太多设备去做敲除转染之类的实验。能做蛋白表达改变已经不错了。厘清细胞内机制是个痛苦的事。再说俺是有机化学出身，设计这样的实验比较痛苦。
多谢1
首先吹毛求疵，上面的英语有一些问题，你仔细看看能发现不少地方用词不对。虽然说英语根本不能代表一个人的水平，不过在proposal或者是发文章的时候这点很重要，就好像你是推销员不能蓬头垢面地见客户一样。The devil is in the details。
其次，一个问题是你有没有hypotheses? 不能空想，得有文章里的根据。你能不能提出两、三个分子水平上的机理假设？探索性的proposal很容易被毙掉。
第三，从小做起。现在拿项目难，有点小钱就是胜利。我的感觉是现在这个拿R01没戏，想法拿点小钱就是好的开始。
可把行家盼来了。英语是在儿子在旁捣乱下乱写的。不知道这小子干了啥，俺的中文输入不见了，连那个En都不见了，只好用英语凑合。写文章和proposal俺可不敢拿大，很很认真的。
没敢想r01,准备r21呢。就是r21也很难呀。所以请教大虾们。俺有一点根据，就是IP3R Inhibitor 2APB 可以部分的挽救药物诱导的细胞死亡。因此细胞调往可能跟ca++相关。另外cytoC胞浆内增高也是ca++的下线。下线的好办，可以检查BCL家族蛋白的变化，caspase系列的变化。可是上线检查啥呢？
感觉上R21对课题比较挑剔，对设计本身好像没R01那么严。
找拿过R21的看看你写的东西，也许他们能看出些隐藏的问题。好像有的时候评审意见一大堆，但主要是说他们驳你如何地有道理，而不是帮你，做了针对性改动也没有用。
(跟改文章一个道理
)
补：
顺手查几个我们单位的R21，跟我的专业远就没看他们的具体设计，但是单从题目就能看出很对NIH的胃口，短平快。以资助力度衡量，风险小收益高，恰恰不是NIH声称的鼓励高风险高回报。
您看这题目中不：molecular target identifiction of a noval potent apoptosis inducing compound XXXXXXX
你也拿不到钱。 我一个今年投R21的grant，一个通路的突变体基本上都已经在我们实验室拿到了，但最后还是被trash了，原因是NIH没钱了，连R01都cut20%了，哪还有钱给R21。
感觉你的结果太少了，简单几个建议：
1. focus： 不要幻想你的药物可以针对所有肿瘤，这种proposal一上来就会被枪毙。选定某一类，如breast cancer， lung cancer， GI cancer， 或prostate cancer 这些都比较容易拿到funding
2. data： 针对某一类cancer，用已建立的model验证你的drug的efficacy。
3. target： 药物靶点必需清楚，或相关实验正在进行。
4. Significance: 和已有诱导cancer 细胞凋亡的药物比，你的药物的优点是什么？
5. Toxicity： toxicity 不是简单一个体外实验就可以证明的，如果你这个药物涉及到了cytochrome C，表明它针对的是细胞内最通用的一条凋亡通路，一般来说，这种药物对正常细胞是肯定有影响的，相关的control实验一定要作全，才能让reviewer信服。
我看到我们单位的确有一个R21是跟你的拟定题目比较接近。但是其他人的，我一看就明白故意加上了NIH官员最中意的词汇。抱歉没法说具体是什么。
我个人的看法吧， molecular target， novel， potent apoptosis 这几个词比较通俗，缺一些独特性。因为R21好像门槛比较低，申请人多。如果你是新入有关领域的话，评审人不熟悉你以前的工作，一眼看过去，未必能立刻反应过来这个的确够新，看都不用看。在题目里尽量把主旨说清楚，替他们省点时间我觉得是很好的。