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主题：【原创】俺该作啥实验 -- 关中农民
家园 【原创】俺该作啥实验 抗肿瘤药物研发的大鱼大虾们请了. 兄弟正在写基金申请.请大家给点建议. 俺有这么一个化合物,抗肿瘤活性很好(体外MTT测试),动物毒性很低,现在只知道它能诱导细胞凋谢,其机理不明确,靶点不清楚.俺想申请基金研究它的靶点和分子机理.
do you think what kind of assay I need to propose to find out the mechanism. I did some primary study, cytochrome c is involved, Ca++ is involved. but apoptosis is so complex. there are so many molecules are involved. where to start, what to check? even I propose some experiemnts, the reviewers easily riase the question, how come your proposed experiments will work and neil down the molecule targets. I really need some good suggestions from experts in this field.
many thanks
somehow my computer cannot input english right now. sorry about this.
通宝推：爱莲,家园 你这事最好分开来 1.怎么继续你的实验，基于你的目前情况
2.怎么申请到funding.
1，你接下来想怎么 play with your compound, 如果没有已知特定感兴趣的机理，看看bioinfor能不能帮上忙， transcriptomics, proteomics, metabolomics.... 这类HT 技术通常可以generate hypothesis... 通常总能找出一大堆潜在机理来。。。但是能不能用来写funding, 要你自己去衡量了，
2, 至于写funding, that\s another story
下面的仁兄说得都挺有道理的,不多说了，祝好运
家园 据说，R21的reviewer们 开关门儿会议的时候，每个proposal平均也就10分钟，当然，有点儿夸张
，不过也不会太长，谁有那闲工夫看这玩艺儿。所以，要抓住人眼睛真得像楼下同学们所说的，得用点儿功夫，6页纸说多也不多，说不多也够了。还有即使高分也不见得能拿到，反倒被有心人知道了，所以，先扔出两篇paper来。复杂的东西也不见得就不好，看你怎么写了，手上还有点儿闲钱的话，去整个expression microarray做做吧，这东西不贵，分析手段已经足够成熟，然后拿几个你觉得有戏的到pathway数据库里找，但是看你想claim什么，库一定要找对，否则就杯具了。
家园 正准备扔文章, expression microarray也坐了,可惜没发现什么基因明显改变.
- 复 正准备扔文章,
家园 呵呵，用的是cell line？ 如果是knockout的sample，不应该吧，前提是你确定compound有效。
实验部分不好说，只从处理的角度，不知试没试过Broad的GSEA，那东西很tricky，但有时候可以帮你发文章。或者用一些商用软件，诸如ingenuity，genego，oncomine等等。当然free的opensource则可以定制一些能说明你觉得有意义的机理。
如果你确实觉得有些东西涉及到而直接的EnrichmentTest测不到的话，可以用GeneInteraction（事实上是protein／gene interaction了）连起来，毕竟每个gene的表达也是时间的函数，实验只能取有限的离散点，在这个点测不到，并不代表就不参与。
家园 正在合成biotin标记的探针,看看能否钓出目标分字
- 复 正准备扔文章,
家园 蛋白质呢？ 要是 apoptosis signaling pathway, 总要什么地方有点变化的。
家园 兄弟，写过NIH grant没有？ 你要是这么发问，没有人能够给你有意义的回答。你要想让别人给你的grant提意见，必须提供三个最起码的信息：
(1)Specific Aims;
(2)Hypothesis;
(3)Preliminary data.
如果连这个也没有，那根本无从谈起。你的工作发表了吗？如何检索？你在这方面的“TRACK RECORD”情况如何？为什么你认为你的工作已经达到了NIH的标准？说一句让人不快的真话吧：What you want to do seems to be "characterization of the effect of your compound on some cells （it seems you don't even have a specific cell line to target)", in terms of activation of appoptotic processes,isn't it? If true, Forget about NIH. NIH is not for fishing expidition and descriptive study.
家园 其实就是有关细胞掉亡 大家有什么更好的建议.我还没傻到prelimINARY DATA贴出来让大家给建议.自己什么都不懂. 我心理当然有个大框架.只是细节上还有待完善.可是很多时候就是死在细节上.
家园 兄弟，我再多说两句吧！ 咱们生物医学研究人员，全都是一“丐帮”里的兄弟，咱们再不互相帮衬，还能指望谁疼咱们哪？我上面说的，全是自己的血泪教训，也是多年前mentor的教诲，难听，但不容忽视呵！你没提供详情，我也详说不了，但提醒兄弟一句，恐怕grant你还写得不多吧？这事儿，大框架其实是最要紧的。你一定要：1）说得出为什么你最牛B （significance/innovation），2）有什么大金娃娃可抱，在哪儿，怎么才能抱来（specific aim)。至于最后坐几路车才能到那地方，其实倒不重要--要是你跟那reviewer说你等我攒一高铁吧--他们会二话不说就毙了你，因为试验那没验证过的方法叫"fishing expidition",那是NIH的Taboo呵！要是你指望咱们在网上给你出好主意，让你能下联signalling pathway,上挂有关的receptor,先别说那现实不现实，就算我们真给你出了这样的主意,您要写进了grant,那反而是取死之道啊--就像那“二胡”兄弟说的：您没几篇好paper垫底儿，人家reviewer绝不会认咱们那笔账啊！所以，你要想的先不应该是细节。最好的是用大家都认可的方法，看一个从没人看过的事儿--还得是在一个最牛B的前提之下，最后能抱一大金娃娃！根据您说的那些，特别是您拟的那个题目，我劝你别费功夫弄什么R-21，还是先跟各种公司商量，想法子能让您的compound在几个方面能胜人一筹再说吧！还有，您要找法子得看paper呵，再就是找你能说得上话的牛人请教。不怕多问人，不怕低声下气，这才是正经路子啊。。。。要是您嫌我话多了，摆老资格了那就算我没说。但请您相信，我真没坏意思！
通宝推：穿越,家园 没有没有生气 相反,确实是非常帮助俺.俺确实有不少文章与这个申请有关.可这也是个双刃刀,DOD 的一个审批人就说俺的项目不新了.其实他就没认真读内容.你能找谁哭诉去.文章好发,这个期刊不要,自有别的地方要.可是基金就那几个地方.木办法.
目前俺还不想联系公司,等NCI给俺把体内活性重复出来,第三方的数据总是更可信,我想一定可以找到公司.
目前俺的化合物活性和毒性已经优于现有的几个一线药物.但是木标分子不清晰是弱点.如能找到把点,就是画龙点睛.
另外,俺的博士后工作非常勤奋努力,俺可不想因为没钱了让人家走人.基金对俺对他都很重要.木办法,学校现在就看基金.
因为是有关药物眼发,不能在这而透露太多.
家园 兄弟不要误会，我没有一点儿坏意思。。。。
家园 前期结果太少，R01没戏，R21机制已经名存实亡了， 你也拿不到钱。 我一个今年投R21的grant，一个通路的突变体基本上都已经在我们实验室拿到了，但最后还是被trash了，原因是NIH没钱了，连R01都cut20%了，哪还有钱给R21。
感觉你的结果太少了，简单几个建议：
1. focus： 不要幻想你的药物可以针对所有肿瘤，这种proposal一上来就会被枪毙。选定某一类，如breast cancer， lung cancer， GI cancer， 或prostate cancer 这些都比较容易拿到funding
2. data： 针对某一类cancer，用已建立的model验证你的drug的efficacy。
3. target： 药物靶点必需清楚，或相关实验正在进行。
4. Significance: 和已有诱导cancer 细胞凋亡的药物比，你的药物的优点是什么？
5. Toxicity： toxicity 不是简单一个体外实验就可以证明的，如果你这个药物涉及到了cytochrome C，表明它针对的是细胞内最通用的一条凋亡通路，一般来说，这种药物对正常细胞是肯定有影响的，相关的control实验一定要作全，才能让reviewer信服。
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