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主题:热烈祝贺中国农业部再次荣获“闭眼掩耳遗忘装傻盗铃”奖 -- 思想的行者
文中引用那篇文章《转cry1Ab/Ac基因抗虫水稻华恢1号在湖北省生产应用的安全证书》我看了,乍一看34页的内容很吓人。一共分了5组,control一组使用基础饲料,亲本稻谷饲料一组,高中低剂量的转基因稻谷饲料各一组。在长达106周试验期间,动物有死亡,各剂量组共死亡70只...总计达39%,所以剂量组共有70/0.39=180只sd大鼠,每组60只。
这篇论文没有给出control group和reference group的死亡比例确实不太严谨,这么写在国外统计,生统,生物期刊上根本发表不了。但是您认为没给出就是比例悬殊,猜测 70:9,甚至说“既然他一字不露只能认为对照组一只都没有死”,这个太想当然了。
那么我们来随便搜索一下sd大鼠.百度百科:1925年,美国斯泼累格·多雷(Sprague Dawley)农场用Wistar大鼠培育而成。其毛色白化。广泛用于药理、毒理、药效及GLP实验。寿命有人说是寿命为2.5-3年。我搜索了一篇在nih上被索引了38次的论文 The Laboratory Rat: Relating Its Age With Human's,其中索引目录里提到了Harlan, Inc. Sprague-Dawley growth chart.一个专门养实验动物公司的介绍 Life-span and Spontaneous Disease:
The median survival time was 24.5 months for virgins and 25 months for breeders (Cameron et al, 1982).
说明sd大鼠从可以喂食开始的寿命median是24.5-25个月,所以原文中说“按毒理程序规定,要求慢性毒性试验中24个月前动物死亡率不能大于50%”这句话没什么问题。单只sd大鼠活过106周的概率50%。
您自己猜测的70:0的概率是多少呢,control组,亲本稻谷饲料组共120只sd大鼠,0死亡的概率是0.5的120次方,大概是7.5x10的-37次方。如果只死了9只或以下的概率呢,用正态近似,总死亡数Y服从N(60,30)的正态分布,30是方差。所以P(Y<=9) =inverse Normal((9-60)/sqrt(30))=5.94 x 10的-20次方。
这篇论文有不严谨的地方,但是以我对统计粗浅的了解问题不大。
反转可以,但最好能用科学的方法去反,小崔前期出了不少笑话不就是这个原因吗?而且切忌一知半解盲目地得出结论。
我对转基因的看法也是认为还需要更多研究,目前的研究还看不出有毒的证据,不宜过早投入市场。
所以不能确定这个占39%是指占包括对照组在内的动物在内的还是不包括对照组动物在内。
由于该实验的具体报告被认为是商业机密而无法查看,所以无法知道是到底是5组180只,还是3组180只(有人认为实际上同样是200只,有20只死亡的没有算进去,这个可能性也不能排除)
如果对照一下前面的三代繁殖实验,文中就明确的给出了SD鼠的总数,分成5组,总共200只
问题在于
1,为什么三代繁殖实验给出了实验动物总数而慢性毒性实验没有给出动物总数呢?
2,如果不给出对照组数据的话,那么还需要对照组干什么呢
由于文章没有给出对照组数据,所以没有办法比较两者之间是否具有显著差异
就存活年龄而言,没有具体数据,也没有办法确认剂量组都是在第几周死亡的等等,进而无法知道剂量组老鼠的平均寿命。
既然你有看报告,那么我们就接着看报告的其他部分
我们来看其他的与对照组有显著差异的指标
只列举与亲本对照组都有显著差异的指标,由于长期喂养慢性毒性试验没有进行对照组和实验组的对比,文章中只有90天亚慢性实验的对照数据,但是仅仅90天实验,也已经有很多指标有显著差异(与基础饲料组有显著差异的指标很多,但是很多指标与亲本对照组对照没有显著差异,但是既然与基础饲料组有显著差异,那么其与亲本对照组的差异虽然不显著,但也是偏向于不健康的,如果喂养时间再延长,与亲本对照组的非显著差异也很可能转化为显著差异)
1,血生化检测 90天喂养实验:
1)血生化检测:中期,华恢 1 号 35%雄性组谷草转氨酶升高,与基础饲料对照组和亲本对照组均有差异
2)雄性 35%组血糖比基础对照组和亲本对照组显著偏低,但在本实验室历史对照范围内。(这个实验室历史对照范围内是什么意思?在历史对照范围内就说明差异不大吗?谁知道该实验室历史上做过什么实验,做过剧毒实验的话,那么在实验室历史对照范围内有什么意义?)
2,三代繁殖实验
繁殖以后的各代继续做90天实验:
1)从 3 代 a,b 两组仔鼠初始和终体重结果看,各代 a 组雌雄鼠未观察到体重随转基因稻谷剂量的增加而降低的情况;而第二代和第三代b 组(即 2b 和 3b)雄鼠华恢 1 号高剂量组的终体重明显比亲本对照组的终体重稍轻,而同剂量组雌鼠未观察到这种差异。(后文又强调什么13周平均数多重比较无差异云云,老鼠13周中有3周体重更轻,到底是哪三周也没有给出数据,更大的可能是最后三周体重更轻,如果是最后三周体重减轻就说明了老鼠十周以后才出现体重减轻,这样再把后三周体重与前十周体重做平均数,没有任何意义)
3)病理组织检查:大体肉眼观察:各代各剂量组雌雄性大鼠的心、肝、脾、肺、肾、胃肠、子宫、睾丸等脏器与普通对照组比较......结合镜下检查,以上脏器部分病理改变,非试验
用样品毒性所致(为什么得出这个结论?)
所以,在西西河里面你还是算看了报告的,那么多报告应该有的内容遗漏掉了,然后有不少的指标存在着显著差异,怎么可以确定华恢一号是安全的呢
另外,感谢你给出SD鼠的平均寿命数据,你的方差等于30是怎么来的?
根据我查阅到的,确实有的说SD鼠的寿命在2.5-3年,这个还跟SD鼠是近亲,还是远亲还是杂交有关,后者的寿命更长。
例如这里说大鼠(包括SD鼠的寿命是2-3年)http://nlac.mahidol.ac.th/nlacmuEN/p_animal_Rat.htm
这里则说SD鼠的寿命是2.5-3.5年
关键在于报告中太多的数据都不全,问题在于为什么不给全数据
再说为什么连签字的人都没有?
在这个报告中,闭口不提control group和reference group的死亡比例,已经涉嫌隐瞒,而不是忽略。所以不能责怪别人猜测食用转基因的大鼠死亡率偏高;
因为这篇报告还有别的地方提到,食用转基因的肝功能指标和对照组相比偏高,但作者用转基因父本也偏高轻轻带过,具体的实验数据又不提供。
这样的报告,也能得到农业部的批准,网民称他们为“脓液部”一点都不冤枉。
作为学术论文不合格,我要写这么一篇作业交上去,肯定会得到个F,需要表格和图表。主要是作为统计的论文没有p-value是很不正常的,我对toxicology不熟悉,但是要是给出全部老鼠的死亡时间,做个cox hazard model,给出转基因饲料是否显著是很容易的。或者做permutation test,另外实验设计的时候最好用多个control组,实践中最多不超过4个。
背后的秘密就不得而知了。但是罗兄说没有提就代表一个没死也实在说不过去,这不是科学的态度。
偏高也不一定代表显著,可是不给p-value实在说不过去。只要p-value > 0.05,一般就认为不显著
没给图表只能估计,不过总sd老鼠数最有可能的还是180或者300。
另外统计如果你要做多个比较的话,就需要做multiple adjustment,最常用的方法是Bonferroni adjustment, 比较可靠的是permutation test, 比如你同时做3个contrast, control vs reference, control vs dose1, control vs (dose1+dose2+dose3)/3,每个p-value需要乘以一定的adjustment factor, 范围是1-3,3是上限,即Bonferroni adjustment。他们是否使用了adjustment我表示怀疑。总的来说,没给p-value你有所怀疑很正常,但是猜测control+reference一个没死可能性几乎为0。
我给出的model是假设单只老鼠活过106周的概率p=0.5,120只老鼠有Y只死亡的概率, Y服从N(120 x 0.5, 120 x 0.5 x 0.5)就是N(60,30).
关于sd rats的life span要是有经验分布当然最好,光是一个range是不够的,最主要的参数是median,这个我在Harlan Sprague Dawley Inc.(一家在indianapolis专门养实验动物的公司, sd rats就是这家公司的前身培养的)找到的sd rats说明书,昨天提到了,google搜索一下sd rats life median就可以找到。
还搜索到本书就是Animal Personalities: Behavior, Physiology, and Evolution,edited by Claudio Carere, Dario Maestripieri里463页提到了SD rats have short to intermediate life spans (median: 20–29 and 22–30 for males and females;Masoro 1980, Ghiraidi et al.1995;Altun et al.2007)。
做研究最主要的就是数据有来源,你给出的这2个链接是给出了life span,但是一没有来源,二连median, mean都没有。相比较的话Harlan的数据更靠谱。
为什么不给出对照组数据,因为和剂量组的差异会很大,所以不给出。
SD鼠的平均存活时间等等肯定与饲养条件,鼠种等很多条件相关,80年代的饲养的数据不代表现在饲养的数据。
这个平均存活时间各个文献差别那么大,主要还是人们对于这个数据的准确性不太在意,因为稍微严谨一点的人肯定会给出对照组和实验组的数据的。
因此纠缠于哪个数据更准确没有什么意思。
籼米的米粒细长形或长椭圆形,是南方主要的水稻种植品种,既然转没转基因肉眼分不出来,选择属粳米的东北大米,大概可以放心一些吧?奈何家里有小朋友,估计在学校还外面吃饭,总还是免不了被转基因的,没有特供就是悲哀啊。
如果那70只都是集中在某个组里面,那就很严重了,甚至超过50%了。
80年代的饲养的数据不代表现在饲养的数据。
听起来有道理,但是你给出的2.5-3.5 years连个索引的出处都没有啊。我只是学统计的,对养老鼠不懂.加入有两个数据:一个粗略的life span连median都没有也没有数据出处。另外一个是开发公司2000年以后的说明书数据,我肯定采信后者。
在目前研究信息披露不完全的情况下,说转基因一定对人体有害或者有毒过于武断。
即使这个研究数据全部公开,所有p-value全都不显著,对人体是否安全也不好说,人的情况比实验鼠复杂太多了。
最好做个cohort study,但是这个时间长花费高,有什么样的结果也难以预测,估计没人愿意做。
现在的家畜家禽都是转基因饲料养大的。
转基因帮派被人们质疑的很大的一点就是许多数据就是不公布,公布就不公开,处于一种阴暗的而不是阳光的状态,例如标注转基因,如果你认为自己的产品很阳光,很健康,可以成为一种时尚,为什么不公开?你公开的话不恰好可以把这个作为营销的亮点向群众推广吗?
因此关于转基因的研究根本就不处于一个正常的状态,我给出life span 的2.5-3年的依据只给了两个,要搜索的话,认为大鼠的寿命可以更高的可以搜出一大堆。
比方说这个登在NIH网站上的文章所引用的文献就认为大鼠的寿命在2-3.5年,平均3年
至于你说的开发公司的数据,那只能代表该公司所培养的SD鼠的数据,该公司的老鼠的寿命偏低,其原因可能就是我前面所说的近亲交配,而其他公司如果用远亲交配或者杂交的话,那么老鼠的平均寿命会更高。
那篇关于老鼠寿命和人类寿命换算的文章我看过,你提到的引用的是93年的杂志上的文章,我也搜索不到原文。和转基因实验08年差了15年。而且是lab rats,不是sd rats。不过这些细枝末节的问题争来争去也没用,这里没有一个养老鼠的,问问养老鼠的人就知道了,做实验的地方的老鼠是什么情况只能猜。
如果要是5组一共180,70只死亡是来自3组108只的话,那肯定有问题。108只中的死亡数服从N(54,27),那样的话p-value = 0.001,可以说有毒了。要是5组一共300,70只死亡是来自3组180只的话,问题还不大。
你说不公开,怀疑有问题,这个没错,不应该批准批量生产。但是这和一开始你说的“是比地沟油不知道要毒了多少倍的东西”还是不同的。
其中的一个结论是三代雄鼠在喂养90天以后体重出现了显著性的减轻
当然文中说的是体重稍轻,但是具有显著性差异。
这个情况也与山西老鼠变小,减少的相关报道相互印证。
老鼠我们知道不怕地沟油,很多活跃在厨房下水道的老鼠长得非常的壮硕,所以从这个角度上来说,能够让三代鼠体型变小的转基因相比起老鼠吃了越来越壮的地沟油而言,要有毒得多。
没有时间,没有来源。无法证实。